El Museo de Prehistoria y Arqueología ocupa un moderno espacio expositivo de 2.000m2 en el Mercado del Este de Santander, ubicado en el centro de la ciudad, en la calle Hernán Cortés 4, junto al Paseo de Pereda. El edificio, construido entre 1839 y 1842 según planos de A. Zabaleta, fue declarado Bien de Interés Cultural en 1986.
Cantabria es una región de excepcional riqueza arqueológica y patrimonial. Sus cuevas, diez de las cuales han sido reconocidas como Patrimonio Mundial, han proporcionado nutridas colecciones paleolíticas de útiles y arte mueble de singular calidad. El Museo presenta al público este patrimonio en un contexto museográfico didáctico y dinámico.
La exposición se orienta a comunicar al visitante cómo fue la evolución de los modos de vida en la Prehistoria y la Historia de Cantabria, un privilegiado escenario patrimonial, representativo del Paleolítico y la Prehistoria europeos. Una instalación de última generación, dotada de abundantes medios audiovisuales e interactivos, cartelas digitales y escenografías de gran formato, envuelve al visitante en un ropaje museográfico de sensaciones táctiles, sonoras y luminosas.
El Museo nace de la iniciativa del padre Jesús Carballo. De una primera colección presentada al público en el Instituto de Enseñanza Mixta Santa Clara de Santander en 1926, inaugurada por el rey Alfonso XIII, se pasó a una sede específica del Museo en el edificio de la Diputación Regional en el año 1941, mientras las labores arqueológicas acrecentaban sin cesar los fondos del Museo.